Star Trek: Vzpoura vypráví klasický nadčasový příběh boje dobra se špatností, zasazený do vzdálené budoucnosti. Jedná se již o devátý díl volné filmové řady, inspirované stejnojmennými televizními seriály, které jsou v zahraničí nesmírně populární již tři desítky let. Posádka hvězdné lodi Enterprise pod velením kapitána Picarda, kterou u nás známe ze seriálu Star Trek: Nová Generace, při nevinné návštěvě zdánlivě primitivní planety Ba'ku odhalí sprosté spiknutí. Planeta Ba'ku je obklopena zářením velmi zvláštní povahy, které způsobuje regeneraci živých organismů, jinými slovy, naplňuje se tak pradávný sen o prameni věčného mládí. Obyvatelé Ba'ku, kteří na tuto planetu před mnoha staletími odešli žít proto, aby se zbavili přetechnizované civilizace, žijí běžně stovky let právě díky této radiaci.

Jeden admirál Hvězdné flotily se zpronevěřil pravidlům na něž přísahal a rozhodl se získat veškerou omlazující sílu pro sebe. Za tím účelem se spolčil se skupinou mimozemských padouchů z civilizace Son'a a společně nyní usilují o vysídlení Ba'ku z jejich planety - prý "pro dobro celé Federace". V dějinách Flotily byla Základní směrnice porušena už několikrát, ale dosud ne takovým zrůdným a prospěchářským způsobem, jako to plánuje admirál Dougherty a jeho spiklenci. Picard a jeho posádka musí zachránit obyvatele Ba'ku před záhubou. Musí se postavit na odpor všem, odvrhnout poslušnost a úctu k nadřízeným. Musí sami a bez pomoci vést vzpouru za záchranu Ráje.